北京林业大学博物馆馆徽由两片银杏叶构成一只蝴蝶，代表以动植物标本收藏为主；春秋两季的叶片寓意春华秋实，是大学育人功能的体现；银杏是孑遗植物，代表博物馆的功能之一是文化传承。图案中有意象化的“北”字和“林”字，是北京林业大学的简称。